Ως αδυναμίες αναγνωρίζονται το εκτεταμένο, πολύ μικρού πληθυσμιακού μεγέθους, οικιστικό δίκτυο, η συνεχής πληθυσμιακή αποδυνάμωση και ειδικότερα οι αρνητικοί δημογραφικοί δείκτες με κυριότερη πρόκληση τη γήρανση του πληθυσμού που επιδρά αρνητικά στην οικονομία, την παραγωγικότητα και ανταγωνιστικότητα. Σημειώνεται επίσης ότι η Π.Ε. Ρεθύμνου έχει το χαμηλότερο κατά κεφαλήν ΑΕΠ συγκριτικά με τις υπόλοιπες Περιφερειακές Ενότητες της Κρήτης.
Επιπλέον, πολλά άλλα κοινωνικά ζητήματα έχουν εντοπιστεί, ήτοι χαμηλό μορφωτικό επίπεδο και αυξημένη σχολική διαρροή, γυναικεία και νεανική ανεργία, υψηλή παραβατικότητα και φαινόμενα ενδοοικογενειακής βίας, εξαρτήσεις, περιορισμένη προσβασιμότητα των κατοίκων των ορεινών οικισμών, αλλά και των ευάλωτων ομάδων (ΑμεΑ, άτομα > 65 ετών, μετανάστες, κ.α.) σε υπηρεσίες υγείας, πρόνοιας, εκπαίδευσης - επιμόρφωσης, αναψυχής, κλπ.
Το αγροτικό οικιστικό δίκτυο στο μεγαλύτερο μέρος του είναι παραμελημένο, με εμφανή τα σημάδια της εγκατάλειψης, ενώ χαρακτηρίζεται μη φιλικό για τα ΑμεΑ. Οι κοινόχρηστοι χώροι παρουσιάζουν σημαντικές ελλείψεις, ηλεκτροφωτισμού, υποδομών αναψυχής (π.χ. παιδικές χαρές, χώροι αθλητισμού και πολιτισμού), ενώ συχνά είναι τα φαινόμενα φθοράς και καταπάτησης. Επιπλέον υπάρχουν ελλείψεις στην εξυπηρέτηση των επισκεπτών.
Ανεπάρκειες καταγράφονται και σε επίπεδο τεχνικών υποδομών (προβληματικό με μειωμένη οδική ασφάλεια οδικό δίκτυο, ελλειμματικό αποχετευτικό δίκτυο, μη ορθολογική διαχείριση λυμάτων, παλαιωμένο δίκτυο ύδρευσης).
Επιπλέον υπάρχει ανεπάρκεια σε πράσινες υποδομές για τη θωράκιση της περιοχής στην κλιματική αλλαγή και ειδικότερα σε απειλές όπως είναι οι πλημμύρες και οι πυρκαγιές. Παράλληλα καταγράφονται υψηλές πιέσεις στο φυσικό περιβάλλον σε όλο το μήκος του νότιου παράκτιου μετώπου, αλλά και στο μεγαλύτερο τμήμα του βόρειου από ανθρωπογενείς δραστηριότητες.
Ο πρωτογενής τομέας χαρακτηρίζεται από χαμηλή παραγωγικότητα, γερασμένο και χαμηλού μορφωτικού επιπέδου εργατικό δυναμικό, περιορισμένη συμμόρφωση προς φιλοπεριβαλλοντικές πρακτικές και υιοθέτηση σύγχρονων γεωργικών μεθόδων, καθώς και μικρή διασύνδεση με τους άλλους δύο παραγωγικούς τομείς.
Η μεταποίηση σημειώνει χαμηλές επιδόσεις και έχει μικρό ειδικό βάρος κυρίως λόγω του μικρού μεγέθους των επιχειρήσεων.
Στον τουριστικό τομέα υπάρχει χωρική συγκέντρωση των τουριστικών υποδομών και των τουριστικών ροών κατά βάση στο βόρειο και κατά τόπους στο νότιο παράκτιο τμήμα και έλλειψη σχεδιασμού οργανωμένης ανάπτυξης θεματικού τουρισμού και διαφοροποίησης του τουριστικού προϊόντος (διαφοροποίηση βόρειου και νότιου, ενδοχώρα ανάπτυξη υποδομών μικρής κλίμακας (επιπλωμένες κατοικίες).
Εν γένει στον τομέα της επιχειρηματικότητας οι αδυναμίες εντοπίζονται στον εσωστρεφή προσανατολισμό, στην υστέρηση υιοθέτησης νέων τεχνολογιών και καινοτομιών, στην έλλειψη συνεργατικής κουλτούρας, στα υψηλά κόστη παραγωγής και στον ψηφιακό αναλφαβητισμό.
Από την άλλη σημαντικό πλεονέκτημα της περιοχής αποτελεί αφενός το πλούσιο φυσικό περιβάλλον απαράμιλλης ομορφιάς, με φυσικούς πόρους μοναδικής οικολογικής αξίας και τοπόσημα διεθνούς και εθνικής σημασίας (π.χ. Γεωπάρκο Ψηλορείτη, Ιδαίον Άντρο, Λίμνη Πρέβελη, Σπήλαιο Σφεντόνι κ.α.) αλλά και περιφερειακής και τοπικής εμβέλειας και αφετέρου, το μοναδικό πολιτιστικό κεφάλαιο (υλικό και άυλο) με την ύπαρξη παραδοσιακών οικισμών, μοναστηριών, αρχαιολογικών θησαυρών και μνημείων, παραδοσιακών τεχνών (υφαντική, κεραμική, ξυλογλυπτική, κ.α.) και θεσμοθετημένων εκδηλώσεων (π.χ. Υακίνθεια, Amari Green Festival, Στράτα του Ψηλορείτη, γιορτή του βοσκού – τυριού, Ταλλαίες γιορτές κ.α) που λειτουργούν ως ισχυροί πόλοι προσέλκυσης επισκεπτών.
Παράλληλα με το φυσικό και πολιτιστικό πλούτο, η περιοχή έχει να επιδείξει ένα δυναμικό αγροδιατροφικό κλάδο με εξαιρετικής ποιότητας και διατροφικής αξίας προϊόντα, αρκετά χαρακτηρισμένα ως ΠΟΠ και ΠΓΕ [Ελαιόλαδο Βόρειος Μυλοπόταμος Ρεθύμνης Κρήτης (ΠΟΠ), Ελιές Θρούμπα Αμπαδιάς Ρεθύμνης Κρήτης (ΠΟΠ), Γραβιέρα Κρήτης (ΠΟΠ), Ξυνομυζήθρα Κρήτης (ΠΟΠ), Κρητικό Παξιμάδι (ΠΓΕ), Πευκοθυμαρόμελο Κρήτης (ΠΟΠ), Οίνος Ρεθύμνου (ΠΓΕ), Οίνος Κρήτη (ΠΓΕ)]. Επίσης υπάρχει παραγωγή μεγάλης ποικιλίας προϊόντων μετά την πρώτη μεταποίηση όπως παραδοσιακά γλυκά και εδέσματα, μαρμελάδες, δευτερογενή γαλακτοκομικά προϊόντα (τραχανάς, γιαούρτι, κλπ), προϊόντα επεξεργασίας κρέατος (αλλαντικά, λουκάνικα, απάκι, κλπ), προϊόντα ποτοποιίας (τσικουδιά, ζύθος, χυμοί, αναψυκτικά).
Τα τελευταία χρόνια καταγράφεται περαιτέρω στροφή στην τυποποίηση και συσκευασία ελαιόλαδου και τυροκομικών προϊόντων, ενώ υπάρχουν πολλά περιθώρια στην ίδια κατεύθυνση για τα υπόλοιπα παραγόμενα προϊόντα και για την ανάπτυξη της οικοτεχνίας.
Σχετικά με το θεματικό τουρισμό σημαντικό κεφάλαιο είναι το Γεωπάρκο του Ψηλορείτη (παγκόσμιο Γεωπάρκο της UNESCO) σε συνδυασμό με τις τάσεις της τουριστικής αγοράς και τη ζήτηση των επισκεπτών για δραστηριότητες στη φύση και τουρισμό εμπειριών, καθώς και από την απονομή σημάτων για επισκέψιμες αγροτικές μονάδες (σήματα επισκέψιμων τυροκομείων, ελαιουργείων, οινοποιείων) στη λογική της διασύνδεσης του πρωτογενή τομέα με τον τουρισμό.
Επίσης τα νέα καταναλωτικά πρότυπα και η αύξηση της ζήτησης για ασφαλή, υγιεινά και βιολογικά προϊόντα, οι νέες τεχνολογίες, η δυνατότητα ανάπτυξης συνεργατικών σχημάτων, η διασύνδεση με την εφαρμοσμένη έρευνα και οι στρατηγικές της Ε.Ε. για τον αγροτικό τομέα (π.χ. από το αγρόκτημα στο πιάτο) αποτελούν ευκαιρίες προς αξιοποίηση στον κλάδο της αγροδιατροφής για την παραγωγή νέων, καινοτόμων και με υψηλή προστιθέμενη αξία προϊόντων.
Ακόμη, οι ευρωπαϊκές στρατηγικές για την πράσινη μετάβαση δημιουργούν ευκαιρίες για νέες δραστηριότητες όπως η κυκλική οικονομία και η πράσινη επιχειρηματικότητα.
Τέλος, σημαντική ευκαιρία συνιστά η στρατηγική για τα έξυπνα χωριά μέσω των οποίων μπορούν να αντιμετωπιστούν με ολιστικό τρόπο διαχρονικά προβλήματα και προκλήσεις για τη βελτίωση των συνθηκών διαβίωσης των κατοίκων.
